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西城教研网【限时免费】医生科研所需80%数据库的零基础使用教程-中国医学博士联络站

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10个数据库精美使用教程,现在免费送!
Oncomine

肿瘤,一直以来都是科研者坚持不懈的攻关对象,近年来该领域更是老树新花惊喜不断大唐医神。在肿瘤研究中,Oncomine是首要的样本数据库,西城教研网目前Oncomine中虽然已经收录了715个数据集端脑第二季,包含了86000+个样本的芯片数据。但是真的想用起来,你会发现其中困难重重。
《Oncomine数据库使用教程》中细述了该数据库的各项功能,包括注册、检索、分析等操作步骤,并以实例演示基因差异表达分析、基因表达与临床相关性以及多基因共表达分析三种常见应用,巨细无遗。
KEGG

信号通路一直是基础科研的精粹所在,而掌握通路浩瀚数据的钥匙就是KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。KEGG——京都基因与基因组百科全书爱新觉罗启骧,是日本京都Kanehisa Laboratories根据文献证据手工整理的一个庞大数据库(包括信号通路、基因、疾病、药物等等)。
TCGA

对于做肿瘤研究的小伙伴来说,TCGA数据库有大名不可不谓如雷贯耳。其中收录了超过11000位患者、33种肿瘤及配对正常组织的高通量芯片或测序数据,包括10种罕见肿瘤,无疑是一座巨大宝库头孢他啶针。并且TCGA部分数据对外开放,免费获取,足够大家折腾。
如果你对TCGA仍然耳熟不能详,那就来看看《TCGA肿瘤数据库使用教程》。其中包含了TCGA的检索技巧、初步的Analysis、数据下载和拓展应用,手把手带你探索TCGA的奇妙世界。
TargetScan

在经过系统梳理医学科研的整体方法论之后,蓦然发现,其实miRNA才是当之无愧的新手之友、从SCI灌水到跨越五分档次拿国自然基金无往而不利的科研利器。进行miRNA的靶基因预测可以说是寻找相互作用的靶基因准确率最高的办法。TargetScan可以根据miRNA或者靶基因名称,运用生信技术来预测miRNA靶基因猛龙雷克顿,也可以通过靶基因来预测miRNA。
RNAhybrid

RNAhybrid是一个用于寻找一条长链RNA和一条短链miRNA最小配对自由能(MFE)的工具,单纯从序列来分析两条序列间的配对关系广灵吧,其中最小自由能值越小,代表结合位点结构越稳定。
starBase

StarBase与TargetScan类似,也是用生物信息学来预测靶基因和miRNA。只需要在几个数据库中输入miRNA名称,即可输出预测靶基因结果孟照国,将多个数据库的预测结果取交集,再结合细胞株中过表达miRNA之后,这些靶基因是否具有下调趋势的结果枪声俱乐部,即可锁定一组直接作用分子罗静恩。
NCBI-Gene

NCBI-Gene是一个可检索的基因注释数据库,主要收录已完成测序的基因组,其收录的注释信息包括基因的命名、染色体定位、基因产物及其属性、相关标记、表型、相互作用等。
Ensembl

Ensembl是美国Wellcome基因会和欧洲生物信息学研究所共同协作运营的一个项目西丰吧,开发一个能够对真核生物基因组自动注释和维护的工具卑留呼。除了提供序列信息外,还有比较基因组学、变异、表达、调控等数据阿克占,是个非常强大的多功能综合性数据库。
NONCOD

NONCODE是一个比较全面的非编码RNA注释数据库,不仅仅是提供了lncRNA的基本信息,还有表达谱、外泌体表达谱、保守性信息、功能预测和疾病关系等高级信息。收录了17个物种的354855个lncRNA基因何瑞东 ,包含548640条转录本,其中人类基因96308个,转录本172216条。
LNCipedia

LNCipedia是一个lncRNA的综合数据库,收录了120353条来源于不同数据库或研究的人源lncRNA转录本信息,还有一些如蛋白质编码潜力、基因座保守性等统计数据。
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作者:admin | 分类:全部文章 | 浏览:72 2016 06 14  
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